肛门内部隐隐作痛可能是便秘、痔疮或肛裂等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.便秘
长期便秘会导致粪便在肠道内停留时间过长，水分被吸收，使得粪便变得干硬，排便时对肛门产生刺激和损伤，可能引起肛门疼痛。治疗便秘可以采用增加膳食纤维摄入、多饮水和适量运动等方法，必要时可在医生指导下使用乳果糖、聚乙二醇和开塞露等药物。
2.痔疮
痔疮是肛门静脉曲张引起的疾病，可分为内痔、外痔和混合痔。痔疮患者排便时痔疮受到挤压，可能引起肛门疼痛。治疗痔疮可采用高纤维饮食、坐浴和局部用药等方法，必要时可在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯栓和地奥司明片等药物。
3.肛裂
肛裂是肛门黏膜出现裂伤，排便时粪便刺激裂口，可引起剧烈疼痛。治疗肛裂可采用软化粪便、保持肛门清洁和局部用药等方法，必要时可在医生指导下使用硝酸甘油软膏、复方利多卡因乳膏和双氯芬酸钠栓等药物。
除以上原因外，还可能与肛门异物、肛周脓肿等因素有关。平时应注意饮食清淡、定时排便，避免久坐和过度用力排便。如疼痛持续不缓解，应及时就医，以免延误病情。