巧克力囊肿通常不会癌变。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，其内含有深褐色的陈旧血液，外观类似巧克力而得名。虽然巧克力囊肿与癌症在某些症状上可能有相似之处，但它们是两种完全不同的疾病。
巧克力囊肿本身并不具备恶性细胞的特性，因此一般不会发生癌变。然而，如果囊肿破裂，可能会引起疼痛和炎症反应，需要及时就医。治疗巧克力囊肿的药物包括激素类药物如炔诺酮、孕激素类药物如黄体酮以及抗炎药物如布洛芬等，这些药物应在医生指导下使用，以减少副作用和并发症的风险。
对于巧克力囊肿患者，定期的医学检查和监测是非常重要的，以便及时发现并处理任何可能的并发症。如果出现囊肿增大、疼痛加剧或其他异常症状，应及时就医。