病理性心肌肥厚通常难以完全逆转，但通过规范治疗可有效控制病情进展；部分生理性心肌肥厚在去除诱因后可能逐渐恢复。
病理性心肌肥厚常见于肥厚型心肌病、高血压性心脏病等。此类患者心肌细胞异常增生或纤维化改变多为不可逆过程，现有治疗手段如β受体阻滞剂（美托洛尔）、钙通道阻滞剂（地尔硫䓬）等药物，或室间隔切除术等外科干预，主要目标是改善心功能、缓解呼吸困难等症状，并预防心律失常、心力衰竭等并发症，而非消除心肌肥厚。
生理性心肌肥厚多见于长期高强度运动的运动员，心脏为适应运动需求发生代偿性增大。停止系统训练后，随着心脏负荷减轻，心肌厚度可能逐渐恢复至正常范围。此外，妊娠期女性出现的暂时性心肌肥厚，在分娩后随着循环血量减少，心脏结构也可能自行恢复正常。
早期诊断和规范治疗对改善预后至关重要。确诊心肌肥厚后需定期复查心脏超声检查、动态心电图等检查，严格遵医嘱使用药物。日常生活中需控制钠盐摄入、避免剧烈运动、戒烟限酒，合并高血压或糖尿病患者应积极控制原发病。若出现胸痛、晕厥等症状需立即就医，必要时需植入心脏起搏器或进行手术治疗。