新生儿肛门闭锁通常可以通过手术治疗改善症状，具体能否治好与闭锁类型、是否合并其他畸形等因素有关，多数情况下经及时干预可获得较好效果。
肛门闭锁的预后与闭锁位置密切相关。低位闭锁患儿的手术相对简单，通常通过肛门成形术即可重建肛门，术后排便功能恢复较好。高位闭锁往往需要分期手术，先行结肠造瘘解决排便问题，待患儿生长至合适月龄再行肛门重建术，术后可能需要配合扩肛训练。若合并直肠尿道瘘、直肠阴道瘘等畸形，需在手术中同步修复。
合并其他脏器畸形的复杂型肛门闭锁治疗难度明显增加。约50%的肛门闭锁患儿合并脊柱、心脏或泌尿系统畸形，这类病例需小儿外科、心内科、泌尿外科等多学科协作治疗。存在严重先天性疾病如先天性心脏病时，需优先处理危及生命的畸形。
治疗时机对预后有重要影响。出生后24-48小时内的初步评估尤为关键，通过影像学检查明确闭锁类型及合并畸形后，应在新生儿期完成结肠造瘘等急诊处理。延迟治疗可能导致粪便淤积引发肠穿孔、败血症等严重并发症，影响后续治疗效果。术后坚持扩肛和排便训练6-12个月，有助于建立规律排便习惯。
确诊肛门闭锁的新生儿应及时转诊至具有小儿外科资质的医疗机构。随着医疗技术进步，约80%的患儿经规范治疗后能达到控便能力，但部分高位闭锁患儿可能遗留排便失禁等问题，需长期随访管理。家长应遵医嘱完成术后护理，定期评估肛门功能发育情况。