胃肠道间质瘤的性质需根据具体情况判断，不能一概而论。部分间质瘤可能表现为良性，而有些则具有潜在恶性或恶性特征。
胃肠道间质瘤的良恶性主要与肿瘤大小、生长部位、核分裂象数目等因素相关。体积较小且核分裂象较少的肿瘤通常生长缓慢，未侵犯周围组织时多为良性。当肿瘤直径超过5厘米，或核分裂象数目较多时，提示存在潜在恶性风险。若已出现邻近器官浸润或远处转移，则明确为恶性肿瘤。
临床诊断需结合影像学检查、病理活检及基因检测综合判断。患者应及时到正规医院消化外科就诊，通过增强CT、超声内镜等检查评估肿瘤特征。病理科医生会根据显微镜下细胞形态和免疫组化结果进行分级，必要时进行基因突变检测辅助诊断。
建议患者避免自行判断肿瘤性质，确诊后应在医生指导下制定个体化治疗方案。定期随访观察对于监测病情变化具有重要意义，部分病例可通过规范治疗获得良好预后。