颅骨修复手术存在一定的后遗症风险，但具体发生概率因人而异。该手术通常较为安全，但术后可能因个体差异或手术因素出现并发症，建议患者选择正规医疗机构进行治疗。
感染是颅骨修复术后较常见的风险，多因术中无菌操作不严格或术后护理不当引起。患者可能出现局部红肿、渗液等症状，需及时使用抗生素控制感染。部分患者可能对钛网等修复材料产生排斥反应，表现为局部组织肿胀或切口愈合不良，此时需考虑更换生物相容性更佳的材料。少数患者术后可能出现癫痫发作，与手术刺激脑组织或瘢痕形成有关，可通过抗癫痫药物进行控制。
术后出现脑脊液漏或脑积水的情况相对少见，可能与硬脑膜修复不严密有关。若发现头痛加剧或意识改变，需通过影像学检查明确诊断。极少数情况下可能发生修复材料移位，导致局部外观异常或神经压迫症状，需通过二次手术调整。患者术后应定期进行CT复查，观察修复材料位置及脑组织状态，同时避免头部剧烈碰撞。若出现持续性头痛、视力改变或肢体活动障碍等异常表现，应及时到神经外科就诊评估。