南瓜一般可以生吃，但通常不建议直接生食。生南瓜虽然不含有毒成分，但其质地较硬且口感较差，可能引起胃肠不适。
生南瓜的果肉纤维较为粗硬，直接食用可能对口腔黏膜和消化系统产生刺激。尤其是消化功能较弱的人群，生食后容易出现腹胀、腹痛等症状。此外，南瓜中的部分营养成分如β-胡萝卜素在加热后更易被人体吸收利用，生吃可能导致营养利用率下降。
从食品安全角度考虑，南瓜表皮可能残留农药或微生物，生吃前若未充分清洗可能存在卫生隐患。对于儿童、老年人及胃肠疾病患者，建议将南瓜蒸煮或烹调至软烂后食用，既能改善口感，也有助于营养成分的释放。日常食用南瓜时，可根据个人耐受情况选择适宜的食用方式，若出现不适症状应及时调整饮食结构。