射精后睾丸轻微疼痛通常是正常的生理现象，可能是性兴奋时睾丸充血和肌肉收缩引起的。这种疼痛一般不会持续太久，休息后可自行缓解。但如果疼痛持续或加剧，可能与睾丸炎、附睾炎等泌尿生殖系统疾病有关。
射精后睾丸疼痛可能与多种因素有关。例如，过度频繁的性生活可能导致生殖系统疲劳，引起疼痛；某些抗生素如头孢类、氟喹诺酮类和大环内酯类等药物可能引起生殖系统不适；此外，前列腺炎、精索静脉曲张等泌尿生殖系统疾病也可能导致射精后疼痛。这些情况下应在医生指导下用药治疗，遵医嘱用药。
射精后睾丸轻微疼痛一般无需过度担心，注意休息和避免过度刺激即可。如疼痛持续或加剧，应及时就医检查，明确病因后针对性治疗。