造血干细胞移植并非适用于所有患者，存在一定禁忌证。年龄过大、存在严重脏器功能不全、活动性感染未控制、合并其他恶性疾病或存在无法耐受预处理方案等情况的患者通常不建议进行该手术。
年龄过大或存在严重脏器功能不全的患者可能无法承受移植过程中的高强度预处理化疗，例如重度肝肾功能异常或心功能衰竭患者，其器官代偿能力差，术后易发生多脏器功能衰竭。活动性感染未控制的患者由于移植后免疫抑制状态会加重感染扩散，可能引发脓毒症等致命并发症，需在感染完全控制后再评估移植可行性。合并其他恶性疾病的患者如晚期实体肿瘤，其预期生存期短且移植风险远高于潜在获益。存在严重出血倾向或凝血功能异常的患者，可能因预处理方案导致致命性出血。此外，心理状态不稳定或无法配合长期隔离治疗的患者，也难以完成移植后必需的康复管理。
是否适合进行造血干细胞移植需由血液科医生结合患者具体病情综合判断。建议存在上述情况的患者及时与主治医师沟通，通过多学科会诊制定个体化治疗方案，部分患者经积极治疗后可能重新获得移植机会。移植前需完善心肺功能、肝肾指标、感染筛查等全面评估。