经颅磁治疗仪在特定疾病的治疗中有一定效果，但其疗效因人而异，通常需要根据病情严重程度及个体差异进行综合判断。该治疗方式多用于辅助改善神经系统相关疾病，实际效果受多种因素影响。
经颅磁治疗仪通过磁场刺激大脑特定区域，调节神经细胞活动，可能对抑郁症、焦虑症等情绪障碍有一定改善作用。对于部分偏头痛患者，该治疗可减少发作频率和疼痛强度。在康复医学领域，它常被用于脑卒中后运动功能恢复，但疗效与治疗时机和病灶位置密切相关。部分研究显示，治疗参数设置不当可能导致效果不理想，需由专业人员调整。
使用经颅磁治疗仪前应进行专业评估，严格遵循医嘱确定治疗方案。治疗期间需注意观察身体反应，出现不适及时与医生沟通。建议选择正规医疗机构进行治疗，避免盲目追求疗效而擅自增加治疗强度或频次。对于严重精神疾病或器质性病变，仍需配合药物或其他治疗手段。