入耳式耳机对耳朵的伤害程度通常与使用习惯有关。合理控制使用时间和音量时，一般不会造成显著伤害。但如果长时间高音量使用或清洁不当，则可能引发听力损伤或耳部不适。
入耳式耳机深入耳道的设计可能增加耳道受压风险。长时间佩戴容易导致耳道皮肤磨损，滋生细菌引发感染。若耳机材质过硬或尺寸不合适，可能加重耳道红肿、疼痛等不适症状。高频次使用还会影响耳道正常通风，增加耵聍栓塞概率。
高音量使用入耳式耳机会直接损伤听觉细胞。当音量超过85分贝时，持续暴露1小时就可能造成暂时性听力阈移。长期暴露在过高音量环境下，可能引发不可逆的噪声性听力损失。这种损伤初期表现为耳鸣、耳闷，后期可能出现语言识别能力下降。
建议选择符合人体工学的耳机产品，佩戴时注意保持耳道干燥清洁。遵循60/60使用原则，即音量不超过设备最大音量的60%，单次使用时间不超过60分钟。出现耳鸣、听力下降等症状时应及时停用，并到耳鼻喉科就诊进行听力检查。