藏毛窦若几十年未进行手术治疗，可能会因反复感染导致病情加重，甚至引发严重并发症。具体影响需根据个人病情进展而定，不能一概而论。
藏毛窦是骶尾部含有毛发的慢性窦道，病程较长时容易反复破溃流脓。若长期不处理，感染可能向周围组织扩散，形成范围更广的窦道或脓肿。部分患者的窦道可能逐渐扩展至臀部、会阴等区域，增加后续手术难度。极少数病程超过20年的患者可能出现鳞状细胞癌变，但发生率较低。
建议存在藏毛窦的患者及时至正规医院普外科就诊，通过影像学检查评估窦道范围。对于反复发作或已形成复杂窦道的患者，手术仍是有效的治疗方式。日常需注意保持骶尾部清洁干燥，避免久坐压迫局部区域。