餐后不适综合征的预后通常较好，但具体恢复情况与个人治疗及生活习惯调整密切相关。多数患者经过规范治疗后症状可得到有效缓解，但部分患者可能因忽视治疗或诱因持续存在而导致症状反复。
餐后不适综合征属于功能性胃肠病，多数情况下不会引起严重器质性病变。及时通过药物治疗如多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、复方消化酶胶囊等促胃肠动力药物，配合低脂低糖饮食、少食多餐等调整，大部分患者在4-8周内症状明显改善。但若长期保持高脂饮食、吸烟饮酒等不良习惯，可能造成症状迁延反复，影响日常生活质量。
建议患者建立规律的进食习惯，避免暴饮暴食和睡前进食。症状持续超过3个月或伴有体重下降、呕血等警报症状时，需及时进行胃镜等检查排除器质性疾病。定期随访有助于医生根据症状变化调整治疗方案，维持治疗效果。