巧克力囊肿一般不会直接影响怀孕，但可能增加不孕的风险。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种形式，其内含有类似巧克力的深褐色物质，这种病变可能导致盆腔粘连、输卵管扭曲或堵塞，从而影响卵子和精子的结合，进而影响受孕。
在治疗巧克力囊肿时，医生可能会根据病情推荐使用激素类药物如黄体酮、炔诺酮或者非甾体抗炎药如布洛芬、吲哚美辛等，这些药物可以帮助减轻症状和控制病情发展。重要的是，任何药物的使用都应在医生的指导下进行，以确保安全和效果。
对于计划怀孕的女性，如果存在巧克力囊肿，建议及时咨询医生，评估病情并制定合适的治疗方案。同时，保持良好的生活习惯和心态，有助于提高受孕的成功率。