长期喝花椒水可能对口腔、胃肠道黏膜造成刺激，还可能导致上火、加重肝肾负担等。花椒水作为中药材煎煮的饮品，需在医生指导下合理使用，避免自行长期大量饮用。
花椒水含有挥发油、生物碱等成分，具有一定刺激性。长期饮用可能使口腔、咽喉黏膜处于持续受刺激的状态，引发黏膜充血、疼痛或溃疡。部分人可能出现味觉迟钝、食欲下降等不良反应。
从中医理论分析，花椒药性辛温燥烈，长期过量饮用容易导致体内阴阳失衡，出现口干舌燥、咽喉肿痛、大便干结等上火症状。对于阴虚火旺体质者，这种温燥之品会加重潮热、盗汗等不适。
现代医学认为，花椒中的化学成分需经肝脏代谢、肾脏排泄。健康人群短期适量饮用通常无碍，但长期大量摄入可能增加肝肾代谢负担，尤其对于肝肾功能不全者，可能影响器官正常功能。
饮用花椒水前应咨询中医师，根据体质判断是否适合。若出现腹痛、皮疹等异常反应需立即停用。日常饮食中花椒作为调味料正常使用通常安全，但作为药材使用时需严格遵循医嘱控制用量和疗程。