褪黑素可能引起头晕、头痛、恶心等副作用，通常不建议长期服用。短期使用一般较安全，但长期服用可能影响自身激素分泌，需遵医嘱调整用药。
褪黑素属于激素类药物，长期服用可能抑制人体自身褪黑素分泌，导致睡眠节律紊乱。部分人群服药后可能出现日间困倦、食欲下降、腹部不适等症状，通常停药后可缓解。此外，过量服用可能加重肝肾代谢负担，引发内分泌失调。
目前尚无足够证据支持褪黑素可长期安全使用。健康人群的短期失眠建议通过调整睡眠环境、规律作息等行为干预改善。慢性失眠患者需排查焦虑、呼吸暂停综合征等病因，必要时在医生指导下交替使用不同助眠药物，避免产生药物依赖。
服用褪黑素期间若出现情绪异常、月经紊乱等表现应及时停药。建议每日服用时间不超过3小时，连续使用不宜超过3个月。特殊人群如孕妇、肝肾功能不全者、自身免疫性疾病患者应严格避免使用。任何睡眠障碍持续存在时，应寻求专业睡眠医学诊疗。