全鹿丸和金匮肾气丸的选择需根据个人体质及具体病情决定，二者在功效、适应症方面存在差异，无法直接比较优劣。全鹿丸适用于肾阳不足、精血亏虚的情况，而金匮肾气丸常用于肾阳虚兼有水湿停滞的证候，建议在医生辨证后使用。
全鹿丸由多种温补药材组成，具有补肾填精、益气培元的功效，适用于肾阳不足引起的腰膝酸软、畏寒怕冷、头晕耳鸣等症状。对于精血不足导致的男性性功能减退、女性月经不调等也有调理作用，其药性较为温补，适合虚损较重的体质。
金匮肾气丸主要功效为温补肾阳、化气行水，适用于肾阳虚伴水湿内停引起的小便不利、下肢浮肿、腰膝冷痛等症状。该方在补阳同时兼顾利水，对于伴有水肿、尿频的肾阳虚证更为适宜，药性相对温和。
选择中成药需遵循中医辨证原则，肾阳虚兼水湿者宜选金匮肾气丸，单纯肾阳不足伴精血亏虚者可考虑全鹿丸。两者均属温补之剂，阴虚火旺者禁用。建议就诊中医科进行脉诊舌诊，明确体质类型后再行用药，避免自行服药可能引起的阴阳失衡等问题。服药期间忌食生冷，注意规律作息。