男性生殖器短小可能是生理性个体差异，也可能与小阴茎症、内分泌疾病、心理因素等原因有关。若存在其他异常表现或影响正常功能，建议及时就医明确具体原因。
1、生理性原因
部分男性外生殖器尺寸偏小属于正常生理现象，可能与遗传或个体发育差异有关。若第二性征发育正常，性功能及生育能力未受影响，通常无需特殊治疗。日常生活中应注意保持局部清洁，避免过度焦虑。
2、小阴茎症
阴茎长度小于同龄人平均数值2.5个标准差时可诊断为小阴茎症，常由胚胎期雄激素分泌不足导致。患者可能伴有睾丸发育不良、阴毛稀疏等体征。治疗需根据年龄和病情选择，儿童期可采用十一酸睾酮胶丸等药物进行内分泌治疗，成年患者可能需要手术延长。
3、内分泌异常
下丘脑-垂体-性腺轴功能异常、克氏综合征等疾病会导致睾酮分泌不足，影响阴茎发育。此类患者常合并声音尖细、肌肉不发达等体征。确诊后可通过注射用绒促性素、十一酸睾酮软胶囊等药物补充激素，青春期前患者可联合重组人生长激素注射液治疗。
4、心理因素
部分患者因与他人对比产生认知偏差，或存在体象障碍等心理问题，主观认为生殖器过小。此类情况需通过专业心理评估鉴别，必要时进行认知行为治疗，同时需排除器质性疾病可能。
发现生殖器发育异常建议尽早就诊泌尿外科或内分泌科，通过激素检测、染色体分析、超声检查等手段明确病因。治疗过程中需严格遵循医嘱，不可自行使用激素类药物，以免造成内分泌紊乱。保持健康的生活方式，保证均衡营养摄入，对青春期发育具有积极意义。