阴茎短小的处理方法需要根据具体原因进行选择，一般可通过日常观察、药物治疗、物理治疗、手术治疗、心理干预等方式改善。若对自身阴茎尺寸存在疑虑，建议及时到正规医院男科或泌尿外科就诊评估。
1、日常观察
阴茎在疲软状态下存在个体差异，部分人勃起后长度可增加至正常范围（国人平均疲软状态约5~10cm，勃起后约8~16cm）。正确测量应从阴茎根部皮肤覆盖处至尿道外口尖端，避免因测量方式错误导致误判。若发育期青少年无器质性异常，可通过观察第二性征发育情况定期复诊。
2、药物治疗
确诊为性腺功能减退导致的阴茎发育不良者，可在医生指导下使用十一酸睾酮软胶囊、丙酸睾酮注射液等雄激素制剂。青春期前儿童若存在促性腺激素不足，可能需要联合重组人生长激素注射液治疗。需严格遵医嘱用药并监测激素水平。
3、物理治疗
成年患者阴茎海绵体发育正常但存在外观困扰时，可短期尝试真空负压吸引装置，通过物理牵张原理促进海绵体充血。该方法需在专业人员指导下使用，每次治疗不超过30分钟，可能出现皮下瘀斑等短期副作用。
4、手术治疗
对于阴茎显露异常（如隐匿性阴茎）或先天性畸形（尿道下裂等），可行阴茎延长术、阴茎矫正术等整形手术。但单纯阴茎延长术仅能改善外观约1-3cm，存在瘢痕形成、感觉异常等风险，需严格掌握手术适应症。
5、心理干预
因体像障碍产生焦虑者，建议接受心理咨询。认知行为疗法可帮助纠正错误身体认知，缓解因过度关注尺寸导致的性功能障碍。伴侣共同咨询有助于改善两性关系中的心理压力。
需注意市面上宣称能增大阴茎的保健品、按摩膏等均无明确疗效，自行使用可能造成皮肤损伤或内分泌紊乱。若阴茎长度明显低于同年龄组平均值2.5个标准差，或合并睾丸发育异常、排尿障碍等情况，应及时就诊查明是否存在染色体异常、垂体病变等器质性疾病。