益生菌的连续服用时间通常为2-4周，但具体需根据用药目的、菌株类型及个体差异调整。若用于疾病治疗或长期调节肠道功能，应在医生指导下使用，避免自行长期服用。
益生菌的服用时长需结合使用目的。例如治疗急性腹泻或抗生素相关性腹泻时，一般建议症状缓解后继续服用1周即可停药。若用于调节肠道菌群紊乱或改善功能性便秘。某些特定菌株如双歧杆菌三联活菌，在治疗肠易激综合征时可遵医嘱使用8周以上。
菌株种类影响服用周期。枯草杆菌二联活菌等用于急性感染性腹泻的菌株。而含有乳杆菌、双歧杆菌的复合制剂，在改善肠道微生态时可酌情延长至4周。不同菌株在肠道的定植能力差异较大，部分菌株停药后易被排出体外。
个体对益生菌的应答存在差异。婴幼儿因肠道发育不完善，使用时间需严格控制在2周内。免疫功能低下者长期服用可能增加菌群移位风险。部分人群服用后可能出现腹胀、排气增多等不适，此时应及时调整用药方案。
服用益生菌时需注意水温不超过40℃，避免与抗生素同服。需选择正规厂家生产的活菌制剂，注意查看储存条件。若症状持续不缓解或加重，应及时就医评估。不建议将益生菌作为日常保健品长期使用，特殊人群如孕妇、重症患者应在专业医师指导下规范用药。