自慰后阴茎出现疼痛可能与生理性原因有关，也可能由包皮阴茎头炎、尿道炎或阴茎硬结症等疾病因素引起。若疼痛持续或加重，建议及时就医明确病因。
自慰时动作过于频繁或力度过大，可能造成阴茎皮肤或黏膜轻微损伤，从而引发疼痛。这类疼痛通常较轻微，适当休息后可自行缓解。若存在包皮过长或卫生不良的情况，自慰后容易继发细菌感染，诱发包皮阴茎头炎，表现为局部红肿、灼痛，严重时可能出现溃疡或渗液。尿道炎患者自慰时可能因机械刺激加重尿道黏膜充血，导致排尿疼痛或射精后隐痛，常伴有尿频、尿急等症状。
阴茎硬结症患者自慰时可能因勃起牵拉病变组织而产生疼痛，触摸阴茎体时可发现硬结或条索状结构。此外，反复自慰可能诱发前列腺充血，导致会阴部或阴茎根部胀痛，但此类情况相对少见。日常需注意控制自慰频率，避免过度刺激。自慰前后应做好清洁，降低感染风险。
若调整生活习惯后疼痛仍不缓解，或伴随异常分泌物、排尿困难、硬结等情况，建议到泌尿外科就诊。医生可能通过体格检查、尿常规、超声检查等明确诊断，并指导使用头孢克肟片、左氧氟沙星片等药物进行抗感染治疗。避免自行用药延误病情。