甲硝唑一般不能治疗由细菌感染引起的尿道炎，但对于滴虫性尿道炎可能有效。尿道炎的治疗需根据病原体类型选择药物，建议在医生指导下规范用药。
尿道炎常见的病原体是大肠杆菌、克雷伯菌等革兰阴性杆菌，这类细菌感染通常首选头孢克肟、左氧氟沙星等抗生素。甲硝唑对大多数革兰阴性杆菌的抗菌作用较弱，因此不作为常规治疗药物。甲硝唑的主要适应症为厌氧菌感染以及阴道毛滴虫引起的生殖系统感染，例如滴虫性尿道炎或合并阴道感染时可考虑使用。
若患者确诊为滴虫性尿道炎，甲硝唑片、甲硝唑栓等剂型可通过杀灭阴道毛滴虫达到治疗效果。但滴虫性尿道炎在临床中占比不足5%，多数尿道炎仍由细菌感染导致。自行使用甲硝唑可能存在用药不对症、延误治疗的风险。
出现尿频、尿急、尿道灼痛等症状时，应及时进行尿常规、尿培养等检测。明确感染类型后，医生会根据药敏试验结果开具阿莫西林克拉维酸钾、磷霉素氨丁三醇等敏感抗生素。治疗期间需保持会阴清洁，每日饮水2000毫升以上促进排尿冲刷尿道。