遗精后阴茎疼痛可能是正常的生理现象，也可能与某些疾病有关，通常需要结合其他症状综合判断。如果疼痛轻微且短暂，一般无需特殊处理；但如果持续存在或伴随其他异常，则需警惕病理因素。
生理性原因可能包括频繁遗精导致的局部肌肉疲劳或精液排出时的短暂刺激，这种情况通常休息后可自行缓解。病理性原因可能与前列腺炎、尿道炎等感染性疾病相关，炎症刺激会导致射精后疼痛加重，可能伴随尿频、尿急或尿道分泌物。此外，包皮过长或包茎患者在遗精后可能因包皮垢积聚或反复摩擦引发不适。
若疼痛反复出现或伴有红肿、排尿困难等症状，建议到泌尿外科就诊检查，通过尿常规、前列腺液分析等明确病因。日常需注意保持外阴清洁，避免过度刺激，规律作息有助于减少异常遗精的发生。