益生菌一般不能直接治疗幽门螺杆菌感染，但可能辅助减轻治疗过程中的不良反应。其效果通常与益生菌种类、使用时机等因素有关，需结合规范治疗。
幽门螺杆菌感染的主要治疗方法是四联疗法，即联合使用两种抗生素、质子泵抑制剂和铋剂。益生菌可能通过调节肠道菌群、抑制有害菌过度增殖等机制，缓解抗生素引起的腹泻、腹胀等消化道症状。但单独使用益生菌无法根除幽门螺杆菌，不规范用药反而可能导致细菌耐药性增强。
治疗期间若出现严重胃肠道反应，可在医生指导下选择特定益生菌制剂，如布拉氏酵母菌散、双歧杆菌三联活菌胶囊或枯草杆菌二联活菌颗粒等。需注意益生菌与抗生素需间隔2小时服用，避免活性成分被破坏。治疗结束后需复查确认根除效果，日常应注意分餐制等预防措施，降低再感染风险。