益生菌在慢性肠炎治疗中通常作为辅助手段，可能通过调节肠道菌群、减轻炎症反应、增强屏障功能、缓解症状及减少复发风险等机制发挥作用。其具体效果需结合患者个体情况评估，建议在医生指导下合理使用。
益生菌可通过调节肠道菌群平衡发挥辅助作用。慢性肠炎患者常存在肠道菌群失调症，补充双歧杆菌、乳杆菌等益生菌可竞争性抑制致病菌定植，恢复肠道微生态平衡。部分菌株能产生短链脂肪酸，为肠上皮细胞提供能量，促进黏膜修复。
在炎症调控方面，特定益生菌株可下调促炎因子如肿瘤坏死因子-α的分泌，同时上调抗炎因子如白介素-10的表达。动物实验显示鼠李糖乳杆菌GG株能降低肠道组织髓过氧化物酶活性，减轻氧化应激损伤。但不同菌株抗炎效果存在差异，需根据菌株特性选择。
对于肠黏膜屏障保护，益生菌可通过增强紧密连接蛋白表达改善肠道通透性。临床研究显示联合使用布拉氏酵母菌散与美沙拉秦，可使患者粪便钙卫蛋白水平较单用药物组降低更显著。部分菌株还能促进黏蛋白分泌，形成物理屏障防止病原体侵袭。
日常使用建议选择经临床验证的菌株，注意与抗菌药物的服用间隔。治疗期间需监测腹胀、腹泻等不良反应，严重免疫缺陷病患者慎用。需明确益生菌不能替代基础治疗，应与抗炎药物、饮食调整等综合治疗方案配合使用。