薏苡仁冷藏保存一般不会造成明显的营养流失。冷藏环境有助于抑制微生物生长和减缓酶活性，从而更好地保留其营养成分，但具体效果与保存方式密切相关。
薏苡仁含有蛋白质、维生素B族和矿物质等营养物质。在0-4℃的冷藏条件下，其呼吸作用和氧化反应会减缓，淀粉分解速度降低，这些都有助于延缓营养物质的损耗。若冷藏时使用密封容器隔绝氧气和湿气，可进一步减少脂肪氧化和水溶性维生素的流失风险。
需注意的是，冷藏时间超过6个月可能导致薏苡仁中部分热敏性维生素（如维生素B1）含量下降约10%-15%。若保存环境湿度较高，可能引发霉变，反而会产生有毒物质。建议将薏苡仁干燥处理后装入真空保鲜袋，置于冰箱冷藏室中层，避免与生鲜食品接触，并在包装袋标注储存日期，通常建议在3个月内食用完毕以确保最佳品质。