阴茎短小一般不会直接影响生育功能，生育能力主要与精子质量、性功能及生殖系统健康相关。若阴茎短小伴随其他疾病或性功能障碍，可能间接影响生育。
阴茎短小但勃起功能正常时，通常可以完成性生活并使精子进入女性生殖道，因此不影响生育。生育的关键在于男性睾丸能否产生正常数量及质量的精子，以及输精管是否通畅。部分阴茎短小者可能因心理压力导致性欲减退或勃起困难，此时需通过心理疏导改善。
某些导致阴茎发育异常的疾病可能同时影响生育，如克氏综合征（先天性睾丸发育不全）会降低精子生成能力，下丘脑-垂体疾病可能引发雄激素分泌不足。这类疾病需通过染色体检查、激素水平检测明确诊断，并采用激素替代疗法等针对性治疗。
建议存在阴茎短小且备孕困难的男性，及时到泌尿外科或生殖医学科就诊，完善精液分析、性激素六项检查等检查。若确诊伴随不育症，可通过辅助生殖技术实现生育目标。日常生活中应避免过度焦虑，保持健康的生活方式有助于维持生殖健康。