幽门螺杆菌停药后存在复发的可能性，但多数患者经规范治疗后通常不会复发。复发可能与治疗不彻底、再次感染或宿主自身因素有关，需结合具体情况分析。
治疗不彻底是导致复发的主要原因之一。幽门螺杆菌对部分抗生素易产生耐药性，若治疗期间未按医嘱完成疗程或药物选择不当，可能导致细菌未被完全清除。例如未规范使用克拉霉素、阿莫西林等联合用药时，残留的细菌可能重新增殖。此外，患者擅自减少药量或漏服也会影响疗效。
再次感染也可能引起复发，但发生率较低。幽门螺杆菌主要通过口-口或粪-口途径传播，治愈后若再次接触被污染的食物、水源，或与感染者共用餐具，可能发生再感染。这种情况在卫生条件较差的地区或家庭聚集性感染环境中更需警惕。
宿主因素如胃内环境改变或免疫力下降，也可能影响复发风险。长期使用抑酸药导致胃酸分泌减少，或患有糖尿病等慢性疾病致使免疫功能受损，可能为幽门螺杆菌的定植提供有利条件。此外，胃黏膜防御功能减弱者更易发生细菌再繁殖。
建议患者在治疗期间严格遵医嘱用药，完成疗程后4-8周通过碳13/14呼气试验复查。日常生活中注意分餐制、餐具消毒，家庭成员应同步筛查与治疗。若出现腹胀、反酸等症状反复，需及时就医明确是否为复发，避免自行重复用药。