长期服用珍珠粉可能存在一定副作用，具体与个人体质及使用方式有关。珍珠粉性寒，过量或长期使用可能引发不适，建议在医生指导下合理使用。
珍珠粉含有碳酸钙、氨基酸等成分，适量服用可辅助补钙、改善睡眠质量。但长期或过量使用可能刺激胃肠黏膜，导致腹胀、食欲减退等消化不良症状，尤其脾胃虚寒者更易出现此类反应。部分人群对珍珠粉中的蛋白质成分敏感，可能诱发皮肤瘙痒、红疹等过敏表现。此外，珍珠粉可能与某些药物发生相互作用，如铁剂等，影响药物吸收效果。
使用珍珠粉期间需注意每日摄入量，成人每日建议不超过1克。服用期间如出现腹痛、腹泻或皮疹等症状，应立即停用并就医。孕妇、哺乳期女性及肝肾功能不全者需谨慎使用，必要时需经中医辨证后使用。日常储存时应置于阴凉干燥处，避免受潮结块影响品质。