吴茱萸配伍黄连治疗口疮可能有一定效果，但需根据具体病情判断。中医认为口疮可分为实火、虚火等证型，不同证型的用药原则存在差异。
吴茱萸性热，具有散寒止痛、降逆止呕的功效；黄连性寒，可清热燥湿、泻火解毒。两者配伍属于寒热并用，常用于治疗寒热错杂引起的病症。对于因上热下寒、虚火上浮导致的口疮，这种配伍可能通过引火归元、调和寒热发挥作用。部分临床案例显示，此类配伍对反复发作的虚火型口疮可能有一定改善作用。
但需注意，单纯实火旺盛引起的口疮可能不适用此配伍。实火型口疮多表现为疮面红肿疼痛明显，常伴有口渴、便秘等症状，此时应以清热解毒为主。建议在使用前咨询中医师进行辨证，根据体质和具体证型选择合适方剂。治疗期间应注意口腔卫生，避免辛辣刺激性食物。