五子衍宗丸作为中成药，其成分大多为温补类药材，一般情况下正确服用不会引起明显上火或腹泻，但存在个体差异。若用药不当或体质特殊，可能出现此类不适反应，需结合具体情况分析。
五子衍宗丸中的枸杞子、菟丝子等药材具有补肾益精作用，但药性偏温，部分体质偏热或阴虚火旺的人群长期大剂量服用时，可能出现口干舌燥等类似“上火”的表现。关于腹泻，该药物本身不含明显导泻成分，但方中补骨脂等药材可能刺激肠道，脾胃虚弱者可能出现消化功能紊乱，进而引发腹泻。
服用五子衍宗丸期间需注意控制疗程，避免自行增加药量。若出现口腔溃疡、大便次数异常增多等明显不适，应及时停药并咨询中医师。日常应注意辨别自身体质，存在实热证或湿热证者不宜服用此类温补药物。