溪黄草长期服用可能存在一定的副作用，通常不建议自行长期使用。该草药虽然具有一定的清热利湿、凉血散瘀等功效，但若使用不当可能引发不良反应。
溪黄草中含有多种活性成分，若长期过量服用可能加重肝脏代谢负担。部分研究表明，其成分可能对肝脏产生潜在毒性，尤其是肝功能异常者风险更高。此外，脾胃虚寒者长期服用可能出现腹痛、腹泻等胃肠道反应，因其药性偏寒凉可能刺激胃肠黏膜。同时，溪黄草可能与某些西药发生相互作用，例如影响抗凝药物代谢，导致凝血功能异常。
使用溪黄草建议在中医师指导下进行，一般连续服用不宜超过2-4周。用药期间应定期监测肝功能，避免与对乙酰氨基酚等肝毒性药物联用。若出现食欲减退、皮肤黄疸或尿液颜色加深等症状，应立即停药并就医。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女及儿童应谨慎使用，慢性病患者需提前告知医生正在服用的其他药物。