足三里和三阴交是常用的两个穴位，在所属经络、位置、功效等方面均有区别。具体差异需结合中医理论进行分析，建议在专业医师指导下进行针灸或按摩治疗。
足三里属于足阳明胃经，位于小腿外侧犊鼻穴下3寸处，主要具有调理脾胃、补中益气的功效，常用于治疗胃肠疾病或作为保健穴位。三阴交属于足太阴脾经，位于内踝尖上3寸胫骨内侧缘后方，作为脾、肝、肾三条阴经的交会穴，主要发挥健脾利湿、调经止痛的作用，多用于妇科疾病和生殖系统疾病的治疗。
两者在临床应用中的主要区别体现在五个方面：一是所属经络不同，足三里属阳经而三阴交属阴经；二是定位区域差异，前者在外侧后者在内侧；三是功能侧重不同，前者主调脾胃后者主调肝脾肾；四是主治方向差异，前者侧重消化系统后者侧重生殖系统；五是配伍应用不同，足三里常与中脘、天枢配伍，三阴交多与关元、血海相配。
需要特别注意的是，三阴交具有促进子宫收缩的作用，孕妇应避免刺激该穴位。在进行穴位治疗时，建议由专业中医师根据具体体质和病情进行辨证选穴，避免自行盲目操作影响治疗效果。若出现不适症状，应及时停止操作并就医检查。