阴茎长度1厘米是否与先天发育异常有关需要根据具体情况判断。成年男性的阴茎疲软状态下平均长度约为7至10厘米，若成年后仍仅1厘米可能存在发育异常，但需结合年龄、生理阶段综合评估。
对于婴幼儿或青春期前的男孩，阴茎短小可能属于正常生理现象，因为第二性征尚未发育。若进入青春期或成年后仍未见明显发育，可能与先天性激素分泌不足、染色体异常如克氏综合征、隐匿性阴茎等因素有关。隐匿性阴茎通常由于皮下脂肪过厚或筋膜发育异常导致阴茎体埋藏，外观短小但实际长度正常。此外测量方式不准确也可能导致误差，例如未从耻骨联合处开始测量。
如果家长发现儿童阴茎外观异常或发育迟缓，建议及时到儿科或泌尿外科就诊。医生会通过激素水平检测、染色体分析、超声检查等手段明确病因。部分先天性异常可通过激素替代治疗或手术矫正改善。避免自行判断或焦虑，多数情况在正规医疗干预下能有积极改善。