阴道菌群失衡可能与生理性因素或疾病因素有关，自慰这一行为本身通常不会直接导致菌群失衡，但需注意卫生问题。若自慰时未注意清洁或存在其他疾病，则可能诱发感染，需结合具体情况分析。
1、生理性原因
正常情况下，阴道具有自我清洁功能，乳酸菌可维持酸性环境以抑制有害菌。适度的自慰行为若保持卫生（如清洁双手、使用干净器具），通常不会破坏菌群平衡。但若频繁刺激阴道黏膜或使用含有化学物质的润滑剂，可能暂时改变局部环境，一般通过休息和清洁可自行恢复。
2、细菌性阴道病
若自慰时未做好清洁，可能将外界细菌带入阴道，导致致病菌（如加德纳杆菌）过度繁殖，乳酸杆菌减少。患者会出现白带增多、鱼腥味等症状，此时需遵医嘱使用甲硝唑栓、克林霉素软膏或乳酸菌阴道胶囊等药物治疗，帮助恢复菌群平衡。
3、外阴阴道假丝酵母菌病
免疫力下降或阴道黏膜受损时，自慰可能增加真菌感染风险。典型症状为豆腐渣样白带和剧烈瘙痒，确诊后可在医生指导下使用克霉唑栓、硝酸咪康唑栓或制霉菌素片等抗真菌药物，同时避免搔抓以防继发感染。
日常需注意自慰前后清洁外阴，避免过度刺激或使用异物。若出现白带异常、瘙痒或灼痛等症状，建议及时就医进行白带常规检查，明确病原体类型后针对性治疗，切勿自行冲洗阴道或滥用抗生素。