阴茎疱疹水泡是否自行消退需根据具体情况判断。若患者免疫力较强且为初次感染，水泡可能暂时消退，但病毒仍潜伏体内，易复发；若未规范治疗，可能反复发作并加重。
阴茎疱疹多由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，属于性传播疾病。病毒侵入皮肤黏膜后，会在局部形成水泡、溃疡，伴有疼痛或瘙痒。若患者未接受抗病毒治疗，即使水泡短期内消退，病毒仍会潜伏于神经节，在免疫力下降时再次激活，导致症状反复出现。此外，频繁发作可能引起局部皮肤破损，增加细菌感染风险。
若患者及时遵医嘱使用阿昔洛韦乳膏、泛昔洛韦片等药物进行抗病毒治疗，可有效抑制病毒复制，促进水泡结痂脱落，减少复发频率。日常需保持患处清洁干燥，避免抓挠，同时注意性伴侣的共同治疗。由于该病无法彻底根治，建议尽早就医规范处理，降低传染及并发症风险。