阴茎出现溃疡通常需要进行体格检查、实验室检查、病原体检测、病理学检查以及影像学检查等，具体项目需由医生根据临床表现进行判断。存在高危性行为史或伴随其他症状时，应尽早就诊明确病因。
1、体格检查
医生首先会通过视诊观察溃疡的形态、大小、分布及边缘特征，例如梅毒硬下疳表现为无痛性单发溃疡，边缘整齐；生殖器疱疹则为簇集性小水疱破溃形成的浅表糜烂。触诊可了解溃疡基底硬度，梅毒溃疡触之如软骨，而单纯疱疹溃疡质地较软。
2、实验室检查
血液检查包括梅毒螺旋体颗粒凝集试验（TPPA）、快速血浆反应素试验（RPR）等梅毒筛查项目，以及HIV抗体检测。分泌物涂片镜检可发现杜克雷嗜血杆菌（引起软下疳）或单纯疱疹病毒包涵体。必要时需采集溃疡渗出物进行细菌培养或真菌培养。
3、病原体专项检测
采用PCR技术检测溃疡部位样本中的单纯疱疹病毒（HSV）DNA、梅毒螺旋体核酸或杜克雷嗜血杆菌基因片段。暗视野显微镜检查可直接观察到梅毒螺旋体的运动特征，适用于早期梅毒诊断。
4、病理学检查
对经久不愈或形态异常的溃疡需进行组织活检，通过病理切片观察细胞异型性，排除阴茎癌、鲍温样丘疹病等疾病。免疫组化检测可辅助鉴别HPV感染相关病变或肿瘤性溃疡。
5、影像学检查
超声检查适用于疑似合并淋巴结肿大者，可评估腹股沟淋巴结结构；盆腔MRI用于晚期梅毒疑似神经梅毒或合并骨质破坏时，可显示骨骼及神经系统病变范围。
出现阴茎溃疡需避免自行用药，尤其是激素类药膏可能加重感染。建议至皮肤性病科或泌尿外科就诊，如实向医生提供性接触史、既往疾病史等信息。完成检查后需按医嘱规范治疗，性伴侣应同步筛查以防止交叉感染。