水菖蒲和石菖蒲在植物来源、药用部位、功效作用等方面存在差异，需根据具体需求选择使用。两者均为天南星科植物，但种类不同，需通过专业鉴别避免混淆。
1、植物学特征
水菖蒲为菖蒲属多年生草本植物，叶片宽大呈剑形，高度可达1米以上，根茎粗壮具分枝；石菖蒲植株较为矮小，叶片狭长如线，长度约20-40厘米，根茎细长多节。两者花序结构相似，但水菖蒲肉穗花序较粗壮。
2、性味归经
水菖蒲味辛苦性温，归心、肝经，主要含β-细辛醚、菖蒲烯等挥发油成分；石菖蒲味辛性微温，归心、胃经，挥发油以α-细辛醚为主。这种成分差异导致两者药效作用部位不同。
3、临床应用
水菖蒲长于化痰开窍，多用于癫痫、中风痰迷等神经系统疾病，外治可治湿疹瘙痒。石菖蒲侧重化湿和胃，常用于湿阻中焦引起的脘腹胀满、食欲不振，其宁神益智作用对失眠健忘效果显著。现代研究显示石菖蒲提取物具有改善认知功能的作用。
使用含菖蒲类药材需注意，阴虚阳亢体质者慎用，孕妇忌服。建议在中医师指导下辨证使用，避免自行替换。两种药材在饮片鉴别时需观察断面特征，水菖蒲具海绵状空隙，石菖蒲断面呈纤维性。购买时应选择正规渠道药材，确保质量安全。