杞菊地黄丸通常不建议长期自行服用，是否会产生副作用与用药是否对症、个人体质等因素有关。该药物属于中成药，需在医生指导下合理使用，避免擅自延长疗程。
杞菊地黄丸主要用于肝肾阴虚引起的目涩、视物模糊等症状，若经医生辨证后认为需要长期用药，可能会根据病情调整疗程。但若患者自行长期服用，可能因药不对证引发腹胀、食欲减退等胃肠不适，或出现过敏反应如皮疹、瘙痒等。部分体质特殊者如脾胃虚寒人群长期服用还可能加重腹泻、畏寒等症状。
服用期间需观察是否出现不良反应，一旦发现异常应及时停药并就医。特殊人群如孕妇、儿童、慢性疾病患者应严格遵循医嘱。日常避免饮酒或食用辛辣刺激食物，以免影响药效或加重不适。若症状未缓解或加重，需及时调整治疗方案。