排尿时阴茎疼痛可能与尿路感染、前列腺炎、尿道结石或性传播疾病等因素有关，建议及时就医明确诊断，这种情况可能是生理性刺激，但更多与泌尿系统疾病相关。
1、尿路感染
尿道炎或膀胱炎等感染可能导致排尿疼痛，常伴有尿频、尿急等症状。细菌感染会刺激尿道黏膜，引发炎症反应。一般可遵医嘱使用头孢克肟片、左氧氟沙星片、磷霉素氨丁三醇散等抗生素治疗，同时需多饮水促进排尿。
2、前列腺炎
前列腺发生炎症时会压迫尿道，排尿时可能出现灼痛感，可能伴随会阴部胀痛。急性发作时可以使用阿奇霉素片、塞来昔布胶囊、坦索罗辛缓释胶囊等药物控制感染和缓解症状，需避免久坐和酒精刺激。
3、尿道结石
结石在尿道移动时会划伤黏膜，造成排尿时剧烈刺痛，可能伴有血尿。直径较小的结石可通过多饮水促进排出，必要时需进行体外冲击波碎石术或输尿管镜取石术，常用药物包括双氯芬酸钠栓、枸橼酸氢钾钠颗粒等。
4、性传播疾病
淋病奈瑟球菌或衣原体感染引起的尿道炎，排尿时疼痛明显且伴有脓性分泌物。确诊后需使用注射用头孢曲松钠、阿奇霉素分散片、盐酸多西环素片等进行规范治疗，性伴侣需同步检查治疗。
若出现排尿疼痛症状，建议避免自行服用止痛药掩盖病情，应及时进行尿常规、尿培养及泌尿系统超声检查。治疗期间应保持会阴清洁，禁止性生活，每日饮水量建议达到2000ml以上。需注意部分性传播疾病存在无症状潜伏期，高危性行为后应及时进行疾病筛查。