阴茎疼痛通常需要进行体格检查、实验室检查、影像学检查、病原体检测以及专科检查等，具体需根据病情由医生判断。建议患者尽早就诊泌尿外科或男科，以便明确病因。
1、体格检查
医生会通过视诊观察阴茎皮肤有无红肿、破溃或皮疹，触诊检查阴茎海绵体是否存在硬结、压痛等异常。对于包皮过长的患者需检查是否存在包皮嵌顿或包皮垢积聚等情况，尿道口检查可发现是否有分泌物或畸形。
2、实验室检查
尿常规可检测白细胞、红细胞指标判断是否存在尿路感染，血液检查中的C反应蛋白、白细胞计数能评估全身炎症反应。精液常规检查可辅助判断生殖系统感染情况，必要时需进行前列腺液分析。
3、影像学检查
超声检查可清晰显示阴茎海绵体结构，检测是否有纤维硬结、血管异常或结石等器质性病变。MRI检查适用于复杂病例，能多平面显示阴茎内部组织层次结构，对于肿瘤、海绵体纤维化等病变具有较高诊断价值。
4、病原体检测
通过尿道拭子采集样本进行细菌培养，可明确是否存在淋球菌、大肠杆菌等致病菌。PCR检测技术能准确识别支原体、衣原体、疱疹病毒等性传播病原体，适用于有不洁性接触史的患者。
5、专科检查
神经电生理检查适用于持续性疼痛患者，可评估阴茎背神经传导功能。膀胱尿道镜检查能直视下观察尿道黏膜状况，适用于疑似尿道狭窄、结石或肿瘤的病例，检查过程中可同步进行病理活检。
阴茎疼痛可能由感染、外伤、神经病变等多种因素引起，患者应避免自行用药或拖延就诊。建议检查前24小时避免性生活，保持外阴清洁。所有检查项目均需在专业医生指导下进行，根据初步检查结果可能需进一步做针对性检测。