失眠的药物治疗需根据具体类型及严重程度选择，目前没有绝对副作用最小的药物，但部分药物如非苯二氮䓬类、褪黑素受体激动剂等相对副作用较小，需在医生指导下使用。
非苯二氮䓬类药物如右佐匹克隆、佐匹克隆等，主要通过调节γ-氨基丁酸受体改善睡眠结构，相较于传统苯二氮䓬类药物，其半衰期较短，次日残留效应及依赖风险较低。褪黑素受体激动剂如阿戈美拉汀，可模拟褪黑素调节睡眠觉醒周期，对肝肾功能影响较小且不易产生依赖性。部分抗组胺药如多塞平，低剂量时可通过抑制组胺H1受体缓解轻度失眠，但长期使用可能引起口干、便秘等不良反应。
中成药如乌灵胶囊、百乐眠胶囊等，含茯苓、酸枣仁等成分，通过养心安神作用改善睡眠质量，通常副作用较轻微，但起效较慢且缺乏大规模临床研究数据支持。用药期间需注意个体差异，例如肝肾功能异常者需调整剂量，老年人慎用苯二氮䓬类药物以防跌倒风险。建议结合睡眠卫生教育、认知行为疗法等非药物治疗，若出现耐药或不良反应，应及时复诊调整方案。