玫瑰花作为药食同源的植物，长期大量食用可能引起胃肠不适、内分泌紊乱、过敏反应等副作用，需根据个人体质适量使用。
玫瑰花中含有单宁酸等成分，长期过量摄入可能刺激胃黏膜，导致胃痛、反酸或腹泻，尤其脾胃虚寒者更易出现消化系统不适。部分研究提示其可能具有类雌激素作用，长期大量食用可能干扰人体正常激素水平，女性可能出现月经周期紊乱，男性可能出现性功能异常，但目前相关研究证据尚不充分。
过敏体质人群接触玫瑰花可能诱发皮肤瘙痒、荨麻疹或呼吸道水肿等过敏反应，严重时可能引起过敏性休克。玫瑰花中的活性成分可能与抗凝血药物、降压药等发生相互作用，长期食用可能影响药物代谢，增加出血风险或降低药效。若长期将其作为单一食材大量摄入，可能影响膳食多样性，导致其他营养素摄入不足。
日常饮用玫瑰花茶或食用相关制品时，建议每周不超过3次，单次用量控制在3-5克干花以内。慢性疾病患者、孕期妇女及正在服药人群应咨询中医师或药师，确认无禁忌后再使用。出现腹胀、皮疹等异常反应时需立即停用并及时就医。