人乳头瘤病毒疫苗一般不能预防所有类型的疣。目前市面上的人乳头瘤病毒疫苗主要针对特定高危型或低危型人乳头瘤病毒，其覆盖范围有限，因此无法对所有类型的疣提供保护。
人乳头瘤病毒疫苗的作用范围与其覆盖的病毒亚型相关。例如二价疫苗主要针对16型和18型高危HPV，四价疫苗增加了对6型和11型低危HPV的防护，这两种类型与约90%的生殖器疣相关。九价人乳头瘤病毒在四价基础上扩展至另外5种高危型HPV，但对其他引起皮肤疣的类型如1型、2型、3型或4型等仍无预防作用。这些未被覆盖的HPV亚型可导致寻常疣、扁平疣或跖疣等皮肤病变。
此外，疣的临床表现与感染部位和病毒亚型密切相关。例如手部寻常疣多由1型或2型HPV引起，足底疣常见于1型或4型感染，而疫苗对这些亚型均无防护效果。即使已接种疫苗，若接触其他型别HPV，仍可能通过皮肤破损处感染并引发疣体。
建议接种人乳头瘤病毒疫苗后仍需注意防护措施，如避免与感染者共用个人物品、保持皮肤屏障完整等。若出现不明疣体或皮肤异常增生，应及时就医进行病毒分型检测和针对性治疗。