西红柿冷冻后部分营养会流失，但整体营养价值仍能得到较好保留。冷冻过程可能导致水溶性维生素如维生素C的损失，但脂溶性营养素如番茄红素和膳食纤维相对稳定。
冷冻过程中，西红柿细胞结构可能因冰晶形成而受损，导致部分水溶性维生素随汁液渗出。例如维生素C对温度敏感，长期冷冻可能减少约15%-20%的含量。但番茄红素属于脂溶性抗氧化物质，在低温环境下性质稳定，冷冻后含量变化较小。膳食纤维作为结构性成分，在冷冻过程中基本不会分解流失。
正确冷冻方法可减少营养损失。建议将西红柿洗净擦干后切块，放入密封袋排出空气再冷冻。食用时无需完全解冻，直接用于烹饪可最大限度保留营养。需注意反复冻融会加剧细胞破裂，导致更多汁液和营养流失。
日常储存西红柿时，若短期内食用建议冷藏保存。如需长期存放，冷冻是较优选择，可保存2-3个月。无论采用何种保存方式，都应选择成熟度适中、表皮完整的果实，并尽快食用以保证营养价值和口感。