小柠檬可能引发过敏反应，但通常仅发生在特定敏感人群中。多数情况下适量食用小柠檬不会导致过敏，具体是否过敏需结合个体体质判断。
小柠檬属于柑橘类水果，含有柠檬酸、挥发性芳香物质等成分。部分人群免疫系统可能对其中某些成分产生过度反应，导致IgE介导的过敏反应。过敏体质者接触果皮中的柠檬烯等物质时，可能出现接触性荨麻疹。既往有芒果、柚子等水果过敏史的人群，发生交叉过敏的概率较高。
食用小柠檬后若出现口唇肿胀、皮肤红斑或消化道不适等症状，应立即停止食用并用清水漱口。出现皮疹时可局部冷敷，瘙痒明显者需避免抓挠防止继发感染。严重过敏反应如呼吸困难需立即就医，在医生指导下使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗组胺药物。日常食用前建议进行皮肤斑贴试验，过敏体质者应谨慎食用柑橘类水果。