小三阳患者经过规范治疗后，病毒复制得到抑制且肝功能恢复正常的情况下，通常不会轻易复发。但若存在擅自停药、免疫力下降或病毒变异等情况，仍可能出现病情反复。
小三阳的复发与抗病毒治疗效果、病毒残留量密切相关。当患者实现临床治愈（如乙型肝炎表面抗原转阴且出现表面抗体）时，病毒复发的概率通常低于5%。但对于仅达到肝功能正常而未能清除病毒的患者，在劳累、酗酒或使用免疫抑制剂时，肝细胞内潜伏的病毒可能重新激活。研究显示，未获得血清学转换的患者停药后5年复发率可达30%-50%。
患者应严格遵医嘱完成抗病毒疗程，避免自行减量或停药。建议每3-6个月复查乙肝两对半、HBV-DNA和肝功能，保持规律作息并戒酒。若出现乏力、食欲减退等症状应及时就医，通过恩替卡韦、替诺福韦等药物进行再治疗，多数患者仍能有效控制病情发展。