寻常疣激光治疗后是否留疤与治疗深度、术后护理及个人体质有关，通常正确操作且护理得当的情况下留疤概率较低。多数患者治疗后仅会遗留暂时性色素沉着，随时间逐渐消退。
激光治疗通过精准汽化疣体组织，若操作过深可能损伤真皮层导致瘢痕形成。术后创面结痂期若发生感染、反复抠抓或暴晒，可能刺激局部胶原异常增生形成疤痕。瘢痕体质者因皮肤修复机制特殊，即使规范治疗仍可能遗留疤痕。此外，足部等易摩擦部位的创面也相对容易形成瘢痕。
建议选择正规医疗机构进行激光治疗，术后保持创面干燥清洁，避免碰水及剧烈运动。结痂期切忌强行剥脱痂皮，外出时做好物理防晒。若出现明显红肿、渗液或异常增生，应及时复诊处理。多数患者通过规范治疗和科学护理，可获得较好的皮肤修复效果。