飞秒激光手术的安全性通常较高，但其安全程度与术前评估、术中操作及术后护理等因素密切相关。该手术属于目前较为成熟的屈光矫正技术，但需在严格掌握适应症的前提下进行。
飞秒激光手术的安全性建立于完善的术前检查体系。术前需通过角膜厚度测量、眼压检测、眼底评估等多项检查，排除圆锥角膜、青光眼等禁忌证。医生会根据角膜曲率、屈光度数等参数制定个性化切削方案，确保手术方案与眼部条件匹配。经验丰富的医生能精确操作飞秒激光设备，将角膜瓣制作误差控制在微米级，降低术中风险。术后需遵医嘱使用抗生素滴眼液、人工泪液等药物，并避免揉眼、游泳等可能引起感染的行为。
该手术可能出现的并发症包括暂时性干眼症、眩光等，但多数症状会随着角膜修复逐渐缓解。建议选择具有资质的医疗机构进行手术，术后严格遵循复查计划，出现异常视觉症状及时就诊。长期佩戴隐形眼镜者应在术前停戴足够时间，确保角膜形态检测结果准确。