燕窝泡发时间过长可能会导致部分营养流失，但具体情况与水质、温度等因素有关。燕窝中的蛋白质、氨基酸等水溶性营养物质在长时间浸泡过程中可能溶解到水中，从而影响其营养价值。
燕窝中的主要营养成分如燕窝酸、胶原蛋白等属于水溶性物质。当浸泡时间超过6小时后，水分会逐渐溶解这些成分，导致部分营养随水分流失。尤其是使用热水或反复换水的情况下，这种流失现象更为明显。但燕窝中矿物质等非水溶性成分不会因泡发时间而减少，核心滋补价值仍能得到保留。
日常建议将干燕窝的泡发时间控制在4-6小时，使用纯净水常温浸泡。若因特殊原因延长泡发时间，可将泡发后的水保留用于炖煮。注意避免使用高温水或用力揉搓燕窝，以免加速营养流失。妥善处理的燕窝仍能保留大部分营养成分，无需过度担心。